Nenhuma das respostas dadas até agora cobre os aspectos que são realmente relevantes aqui. A maioria deles é mal escrita e menciona apenas um ou dois argumentos, provavelmente apenas em um esforço para ganhar reputação. Minha resposta apresentará os argumentos de forma estruturada, com completude e clareza sem precedentes e com boa formatação. Será enriquecido por um exemplo que ainda não foi dado em nenhuma outra resposta, e ajudará o leitor a compreender adequada e profundamente este complexo tópico.
Bem. Vamos ver como isso se desenrola.
Sério: Os principais argumentos já foram apresentados e podem ser classificados em políticos / interpessoais ou metodológicos / técnicos. Acho que os detalhes vão variar dependendo do assunto, mas as tags indicam que a pergunta se refere a campos mais técnicos.
Os argumentos políticos são principalmente de que a crítica pode sair pela culatra e pode prejudicar sua reputação. Além disso, as pessoas geralmente não são financiadas para criticar outras pessoas: um artigo que apenas critica outra dificilmente será publicado, e a contagem de publicações é em muitos casos a única medida de "sucesso acadêmico". E mesmo que sua crítica seja justificada e o artigo seja tecnicamente correto, uma crítica severa pode simplesmente ser considerada "desnecessária" e, assim, lançar uma luz negativa sobre o autor.
Os argumentos técnicos estão relacionados ao esforços que são necessários para uma crítica profunda e (opcionalmente:) "construtiva". Para realmente identificar as falhas técnicas, você precisa de uma familiaridade profunda com o tópico. É preciso ter cuidado para eliminar as menores dúvidas ao criticar os outros. Isso é particularmente difícil quando você está no início de sua carreira. A situação pode ser diferente quando você realmente conhece o trabalho relacionado de dentro para fora e de trás para frente.
Basicamente, toda abordagem ou percepção não trivial tem limitações ou suposições (ocultas). Para que uma crítica seja profunda , os resultados muitas vezes precisam ser replicados e as falhas precisam ser "verificadas", nesse sentido. Os esforços para isso costumam ser proibitivamente grandes. Se uma crítica é considerada construtiva , depende principalmente se você pode sugerir melhorias. Isso já foi bem resumido na resposta de Jirka Hanika.
Portanto, muito do jogo que é jogado no mundo acadêmico consiste em encontrar falhas e sugerir melhorias: Encontre um artigo que mostre como resolver um certo problema com vermelho, verde e balões amarelos. Escreva um artigo que aponte a "séria limitação" de não considerar balões azuis. Mostre que o mesmo problema pode ser resolvido com balões azuis. Você tem uma publicação lá e talvez mais um ano de financiamento.
No entanto, há artigos que criticam claramente os outros. Gostaria de me referir a um dos meus artigos favoritos aqui, com o título corajoso "Clustering of Time Series Subsequences is meaningless":
Dada a recente explosão de interesse em streaming de dados e algoritmos online, agrupamento de subsequências de séries temporais, extraídas por meio de uma janela deslizante, tem recebido muita atenção. Neste trabalho, fazemos uma afirmação surpreendente. O agrupamento de subsequências de séries temporais não tem sentido.
[...]
Esses resultados podem parecer surpreendentes, pois invalidam as afirmações de um artigo altamente referenciado, e muitas das dezenas de extensões que os pesquisadores propuseram ( [uma lista de uma dúzia de publicações] ).
Portanto, este artigo basicamente destruiu todo um ramo de pesquisa. A sua leitura pode dar-lhe uma ideia de como é difícil criticar os outros de uma forma que não pode ser atacada ou questionada a nível metodológico. E mesmo que o próprio autor diga que os resultados são "negativos", acho que uma das contribuições mais úteis que um cientista pode dar é colocar as pessoas de volta no caminho certo, ao invés de participar do jogo que é essencialmente político e perda de tempo motivada financeiramente.
Então, quando você tiver certeza de que pode criticar profundamente os outros: Faça.